− Dựa trên các tài liệu của quân đội Mỹ, do một lực lượng đặc nhiệm của quân đội chịu trách nhiệm điều tra tội ác chiến tranh thu thập và giải mật, bài báo cho biết trong báo cáo gửi Bộ Tổng tham mưu quân đội, một trung tá Mỹ đã tố cáo các binh sĩ Lữ đoàn không vận 173 tra tấn những người bị bắt giữ ở miền Nam Việt Nam. Các nhà điều tra thuộc lực lượng đặc nhiệm trên đã phát hiện hàng loạt những vụ bạo hành của quân sĩ Mỹ, Trong các tài liệu này còn có báo cáo chi tiết về 142 vụ bắt giữ và ngược đãi tù nhân, trong đó có 127 trường hợp liên quan đến lữ đoàn 173. Tuy nhiên các giới chức lãnh đạo của Hoa Kỳ đã cố gắng che giấu các thông tin này. Tờ Los Angeles Times đã đăng bài viết tố cáo các chỉ huy quân đội Mỹ đã che giấu tội ác của cấp dưới trong chiến tranh ở Việt Nam và phần lớn các quân nhân phạm tội đã không bị trừng phạt, hoặc chỉ bị phạt rất nhẹ, trong khi người tố cáo lại bị ngược đãi.

− − Các vụ việc đã được chứng minh trong hồ sơ có thể kể đến: 7 vụ thảm sát từ 1967 đến 1971, trong đó có ít nhất 137 dân thường bị giết; 78 vụ tấn công khác nhau vào những người không tham chiến, trong đó ít nhất 57 người bị giết, 56 người bị thương và 15 vụ cưỡng hiếp; 141 vụ tra tấn những người tình nghi hoặc tù binh chiến tranh.[53]

− − Các nhà điều tra đã xác định được bằng chứng chống lại 203 lính Mỹ bị cáo buộc giết hại dân thường Việt Nam hoặc tù binh. 57 người trong số họ đã bị đưa ra tòa án quân sự và 22 người đã bị kết án. 14 người đã nhận án từ 6 tháng đến 20 năm nhưng hầu hết đều được giảm án đáng kể trong phiên phúc thẩm. Nhiều vụ việc khác đã bị đóng lại vô thời hạn.[53]

− − Ngoài 320 vụ việc được xác minh, hồ sơ còn có những tài liệu có liên quan đến hơn 500 hành động tàn ác mà các điều tra viên chưa thể chứng minh hoặc không được quan tâm đến.[54]

− − Ngoài ra, Việt Nam Cộng hòa còn xây dựng một hệ thống nhà tù trên miền Nam Việt Nam, một số nhà tù được xây mới như Nhà tù Phú Lợi hay sử dụng lại các nhà tù cũ của Pháp ví dụ là Nhà tù Côn Đảo và Nhà tù Phú Quốc, dùng để giam giữ những người tù chính trị cộng sản hoặc binh lính Quân Giải Phóng, Quân đội Nhân dân. Ở đây, tù nhân phải nằm trên nền xi măng ẩm thấp, không có giường ngủ, đa số bị mắc các bệnh liên quan đến đường hô hấp do nền nhà ẩm thấp, bị suy dinh dưỡng do không được cho ăn, được chữa bệnh một cách đầy đủ. Nhà tù Phú Quốc có những hình thức tra tấn ghê rợn:

Một tốp lính của Quân lực Việt Nam Cộng hòa chặt đầu đối phương và giơ lên khoe (bên trái có một lính trẻ em cũng tham gia trong hình)

• "đóng kim": dùng những cây kim chích đã cũ, đóng từ từ vào 10 đầu ngón tay.[55]
• "chuồng cọp kẽm gai": loại chuồng cọp làm toàn bằng dây kẽm gai, được đan chằng chịt xung quanh và trên nóc. Chuồng cọp này đặt ở ngoài trời trong phân khu. Mỗi phân khu có đến hai, ba chuồng cọp - loại nhốt 1 người và loại nhốt 3-5 người. Kích thước chuồng cọp rất đa dạng, có loại cho tù nhân nằm trên đất cát, có loại buộc tù nhân phải nằm trên dây kẽm gai, có loại chỉ nằm hoặc đứng; có loại chỉ ngồi lom khom; loại phải đứng lom khom, không đứng thẳng được mà ngồi xuống thì sẽ phải ngồi trên dây kẽm gai. Tù nhân phải cởi áo, quần dài, chỉ được mặc quần cụt để phơi nắng, phơi sương, dầm mưa suốt ngày đêm.[55]
• "ăn cơm nhạt": tù nhân không được ăn muối, sau hai tháng mắt sẽ bị mờ, sau 5-6 tháng liền có người bị mù hẳn.[55]
• "lộn vỉ sắt": các tấm vỉ sắt loại có lỗ tròn và đầy mấu để mắc vào nhau và lật ngửa làm "đường băng sân bay" rồi bắt tù binh cởi áo, cởi quần ngoài, chỉ còn chiếc quần đùi. người tù bị bắt cắm đầu xuống vỉ sắt lộn ra sau, sau vài lần là lưng người tù tóe máu, đầu bị bứt tóc, tróc da tơi tả.[55]
• "gõ thùng": lấy thùng phuy úp lên tù nhân đang ngồi xổm, rồi gõ vào thùng. Tù nhân sẽ bị đau đầu, sẽ bị điếc vì tiếng gõ mạnh và sức ép không khí. Cũng bằng cách gõ vào thùng phuy đổ đầy nước, bên trong thùng là tù nhân. Kiểu tra tấn này có thể khiến tù nhân bị hộc máu vì sức ép của nước.[55]
• "đục răng" và "bẻ răng": kê đục vào sát chân răng của người tù, dùng búa đóng làm răng gãy văng ra.[55]
• "roi cá đuối": giám thị dùng những chiếc roi cá đuối dài, đem phơi để đánh tù. Trước khi bị đánh, tù nhân phải cởi áo để bị đánh vào da thịt trần. Roi cá đuối thường quấn lấy thân nạn nhân, rồi giật ra, làm da thịt bị đứt theo. Giám thị sau đó có thể lấy muối ớt xát vào da thịt nạn nhân. Đầu năm 1970, phái đoàn Hồng Thập Tự Quốc tế khi đến thị sát nhà tù Phú Quốc đã bắt gặp một chiếc roi cá đuối dính máu khô.[56]

• "đóng đinh": những chiếc đinh 3 phân được dùng để đóng vào các ngón tay của tù binh trong quá trình tra tấn. Mỗi lần bị đóng đinh, xương ngón tay của người tù bị vỡ nát. Ngoài ra còn có loại đinh 7, 8 phân hoặc cả tấc để đóng vào thân người tù ở các vùng: cổ chân, khớp vai, mắt cá, ống quyển, đầu. Có người bị đóng đinh đến chết, sau này khi bốc mộ vẫn còn đinh găm trong hài cốt.[56]
• Lấy bao bố trùm lên người tù rồi ném vào chảo nước sôi. Ba người tù ở phân khu C6 đã bị luộc chết.[56]
• Dùng bóng đèn công suất lớn để sát mặt người tù trong thời gian dài cho nổ con ngươi.[56]
• Dùng lửa đốt miệng, bộ phận sinh dục.[56]

Tháng 7/1970, sự thật bị Mỹ che giấu về Chuồng Cọp trong hệ thống Nhà tù Côn Đảo đã gây chấn động quốc tế. Người điều tra là nhà báo Mỹ - Don Luce. Trợ lý của đoàn Quốc hội Mỹ là ông Tom Harkin đã thuyết phục hai nghị sĩ trong đoàn điều tra hoạt động tra tấn trong “Chuồng cọp” tại nhà tù Côn Đảo nằm ngoài khơi bờ biển của Việt Nam. Sử dụng bản đồ được Cao Nguyên Lợi - một cựu tù nhân bị giam trong “Chuồng cọp” vẽ, Don Luce và Tom Harkin đã chuyển hướng khỏi các lộ trình được lên kế hoạch từ trước, và vội vã đi xuống một con hẻm giữa hai dãy nhà tù. Họ tìm thấy cánh cửa nhỏ dẫn đến các lồng sắt giữa các bức tường nhà tù. Don Luce kể:

"Tại đây hình ảnh của các tù nhân trong lồng đã khắc sâu trong tâm trí tôi, không thể tẩy xóa nổi. Người đàn ông với ba ngón tay bị cắt rời; một người khác đã chết có hộp sọ đã vỡ toác; và nhiều tu sĩ Phật giáo Huế - những người đấu tranh chống sự đàn áp các Phật tử - trong tình trạng thê lương. Tôi nhớ rõ mùi hôi thối khủng khiếp do tiêu chảy và và các vết thương lở loét ở mắt cá chân các tù nhân do xiềng xích cắt vào."[57][58][59]

Các bức ảnh do ông Harkin chụp ở nhà tù Côn Đảo đã được đăng trên tạp chí Life ngày 17/7/1970. Một cuộc biểu tình quốc tế nổ ra sau đó. Dưới áp lực của dư luận Quốc tế, 180 người đàn ông và 300 phụ nữ được chuyển khỏi các Chuồng cọp. Nhiều người được đưa đến bệnh viện tâm thần. Một số đã được chuyến đến các nhà tù khác. Grace Paley đã mô tả cuộc sống trong tù của một trong số 300 phụ nữ bị giam giữ tại Chuồng cọp - Nhà tù Côn Đảo trong cuốn sách xuất bản năm 1998:

“Trước khi vào tù, Thiều Thị Tạo là một học sinh trung học 16 tuổi. Cô đã bị tống giam vì không chào cờ. Trong tù, Thiều Thị Tạo bị giam trên nền đất. Cô bị đánh vào đầu bằng dùi cui. Đầu cô bị kẹp giữa hai thanh thép. Nước rót xuống cổ họng cô. Sau đó, vào ngày 20/11/1968, cô bị chuyển đến trụ sở cảnh sát quốc gia…Tới cuối năm 1969, Tạo đã được chuyển đến Chuồng cọp của Côn Đảo. Trong vài ngày ở đây, cô đã bị treo lên một cái móc sắt. Hình thức tra tấn này khiến xương sống của cô đã bị hư hại và đến nay cô vẫn phải đeo nẹp ở cổ. Sau một năm ở trong Nhà tù Côn Đảo, cô được chuyển giao cho các nhà thương điên ở Biên Hòa.”

Đã có 4.000 người chết trong khoảng thời gian tháng 6/1967 đến 3/1973, hàng chục ngàn người mang dị tật hay bị tàn phế cả đời. Tổ chức chữ thập đỏ đã đến Côn Đảo vào năm 1969 và 1972, họ đã nhận thấy sự tra tấn tù nhân một cách tàn bạo, có hệ thống và kéo dài[60], 1972[61]. Tháng 8 năm 1971, một điều tra viên của Sứ quán Mỹ tại Việt Nam Cộng hòa báo cáo về sự đánh đập tù nhân tại Phú Quốc vẫn tiếp diễn. Sau các kết quả điều tra của MACV và Sứ quán Mỹ, Tướng Cao Văn Viên, tổng chỉ huy tham mưu Quân lực Việt Nam Cộng hòa, vẫn khẳng định rằng các đoàn kiểm tra của tổ chức Chữ thập Đỏ quốc tế đã "báo cáo sai lệch về tình trạng ở nhà tù".[62]